26 lutego 2018 roku Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów przyznała Wydziałowi Farmaceutycznemu CM UMK uprawnienie do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk farmaceutycznych.
Poprzez tę decyzję bydgoski Wydział Farmaceutyczny dołączył do pozostałych Wydziałów Farmaceutycznych posiadających takie uprawnienie. Ponadto Wydział Farmaceutyczny CM UMK od grudnia 2016 roku posiada uprawnienie do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna, co oznacza, że bydgoski Wydział znalazł się obecnie w ekskluzywnej grupie 3 Wydziałów Farmaceutycznych posiadających 2 uprawnienia habilitacyjne. Tylko jeszcze Wydział Farmaceutyczny Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku oraz Wydział Farmaceutyczny Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach posiadają 2 uprawnienia habilitacyjne. Pozostałe 7 Wydziałów posiada tylko po jednym uprawnieniu habilitacyjnym (tylko w dziedzinie nauk farmaceutycznych). W liczbie uprawnień Wydział Farmaceutyczny zrównał się z Wydziałem Lekarskim CM UMK, który od 1987 roku posiada 2 uprawnienia habilitacyjne (w jednej dziedzinie, ale w dwóch różnych dyscyplinach).
Uprawnienie zostało przyznane na wniosek Wydziału złożony w Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów w lipcu 2017 roku. Ten wniosek Uchwałą nr 499/2017 z dnia 7 grudnia 2017 roku został pozytywnie zaopiniowany przez Radę Główną Nauki i Szkolnictwa Wyższego, następnie w dniu 12 lutego 2018 roku został pozytywnie zaopiniowany przez Sekcję Nauk Medycznych Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów. Te opinie były podstawą do podjęcia przez Prezydium Centralnej Komisji ds. Stopni i Tytułów w dniu 26 lutego decyzji o przyznaniu Wydziałowi uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk farmaceutycznych.
Przyznane uprawnienie jest ukoronowaniem działań, jakie podjęły wybrane w 2012 roku Władze Dziekańskie Wydziału. W 2012 roku Wydział nie posiadał żadnych uprawnień do nadawania stopni naukowych – był wtedy jedynym takim wydziałem w UMK i jedynym Wydziałem Farmaceutycznym w Polsce. W wyniku konsekwentnych działań prowadzących do zwiększania potencjału naukowego i kadrowego, Wydział mógł wnioskować o uprawnienia do nadawania stopni naukowych. Na podstawie złożonych wniosków Wydział Farmaceutyczny uzyskał 2 uprawnienia do nadawania stopnia doktora: doktora nauk farmaceutycznych (Decyzja z dnia 29.04.2013 r.), doktora nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna (Decyzja z dnia 28. 04. 2014 r.) oraz uprawnienie do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna (Decyzja z dnia 16.12.2016 r.). Korzystając z tych uprawnień na Wydziale Farmaceutycznym przeprowadzono 14 przewodów doktorskich zakończonych nadaniem stopnia doktora i 1 postępowanie habilitacyjne zakończone nadaniem stopnia doktora habilitowanego. W 2015 roku, zarządzeniem JM Rektora UMK w odpowiedzi na wnioski Wydziału, zostały utworzone na Wydziale Farmaceutycznym Studia Doktoranckie w zakresie dwóch dziedzin/dyscyplin: nauk farmaceutycznych oraz nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna. W następstwie posiadanych uprawnień doktorskich, przeprowadzonych na Wydziale przewodów doktorskich, prowadzonych studiów doktoranckich, istotnego przyrostu liczby nauczycieli akademickich posiadających tytuł profesora lub stopień doktora habilitowanego oraz wzrastającego (mierzonego parametrami naukometrycznymi) dorobku publikacyjnego pracowników Wydziału, został przygotowany i w lipcu 2017 roku złożony wniosek Wydziału o uprawnienie do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk farmaceutycznych. Odpowiedzią na ten wniosek jest właśnie przyznane uprawnienie.