Pracownicy Wydziału w celu prowadzenia badań naukowych mogą korzystać z następujących trzech głównych źródeł finansowania:
- dotacja MNiSzW na UP BS (do 2018 r.) zamieniona od 2019 r. w wydzieloną część subwencji przyznawaną Wydziałowi przez JM Rektora UMK;
- pozyskiwane przez pracowników środki pozasubwencyjne – najczęściej to są granty NCN, NCBiR, MNiSzW, ABM, RPO;
- Środki z projektu IDUB (Inicjatywa Doskonałości Uczelnia Badawcza).
Kwota przyznana Wydziałowi Farmaceutycznemu przez MNiSW na na rok 2013 była niewielka (819 tys. zł.). Jej wysokość wynikała z ministerialnego algorytmu, który uwzględniał liczbę samodzielnych pracowników naukowych, ilość posiadanych uprawnień do nadawania stopni naukowych, liczbę nadanych stopni naukowych oraz ilość uczestników studiów doktoranckich. Rozwój Wydziału, tj. wzrost liczby samodzielnych pracowników, uzyskanie 4 uprawnień do nadawania stopni naukowych i ich nadawanie przez Wydział oraz rozpoczęcie prowadzenia studiów doktoranckich spowodowały łącznie, że dotacja po czterech latach w 2017 r. wzrosła do wartości 2 106 tys. zł. tzn. była 2,5 razy większa niż w 2013 r. W 2019 zmieniły się zasady finansowania i JM Rektor UMK przyznał naszemu Wydziałowi kwotę porównywalną z tą jaką na utrzymanie potencjału badawczego otrzymaliśmy w 2018 r. z Ministerstwa Nauki I Szkolnictwa Wyższego i ta kwota na lata 2020, 2021 i 2022 była utrzymywana na tym samym poziomie z tym, że roku 2021 zaistniała potrzeba wydzielenia z przyznawanej kwoty środków na aktywa trwałe. W roku 2023 został w Uniwersytecie wdrożony system oszczędnościowy i w jego wyniku środki w części Podstawowej Działalności Badawczej zostały zredukowane do 85% z roku 2022, a w części aktywa trwałe do 50%. Jest oczywiste, że korzystając tylko z w/w środków Wydział nie mógłby się rozwijać, a tym bardziej osiągać sukcesów. W celu rozwijania badań naukowych pracownicy Wydziału musieli się wykazać dużą aktywnością w pozyskiwaniu pozasubwencyjnych środków finansowych. W załączniku 1 są zebrane prawie wszystkie pozyskane w latach 2012- 24 zewnętrzne środki na badania naukowe. Jest ich 64 na łączną kwotę ponad 50 mln zł. Jest to ok. 2,5 razy więcej niż otrzymane w tym czasie i przeznaczone na badania środki subwencyjne. Kwotowo najwięcej środków na badania naukowe pozyskali prof. Ryszard Oliński, prof. Marek Foksiński, prof. Barbara Bojko, prof. Daniel Gackowski, dr Wojciech Filipiak. Jako Wydział jesteśmy w grupie Wydziałów UMK, którzy pozyskują znaczące środki na badania w drodze wnioskowania do NCN lub NCBiR. W roku 2018, na 17 ówczesnych wydziałów UMK, byliśmy Wydziałem, który kwotowo pozyskał najwięcej środków z NCN. Ważnym źródłem środków na badania są też fundusze z projektu IDUB. Pracownicy Wydziału Farmaceutycznego pozyskali w drodze konkursów z projektu IDUB, spośród wszystkich Wydziałów Collegium Medicum, najwięcej środków. Kolejny artykuł zawiera wykaz pracowników Wydziału - beneficjentów programu IDUB.